Действия третьего фильма фантастической киноэпопеи происходят на открытых просторах необъятной Вселенной. После спешного бегства с логова чужих, космический корабль агента Рипли потерпел крушение на далекой планете: закрытой тюрьме для особо опасных преступников. На борту оказался зародыш межгалактического чудовища, что и стало причиной аварийной посадки. Инородный организм продолжает развиваться и заключенным в скором времени предстоит сразиться с кровожадным инопланетным монстром. "Чужой 3" стал одним из наиболее дорогих фильмов франшизы, обойдясь производителям, в общей сложности, в 50 миллионов долларов.

Отсидев 4 года за ограбление банка, двое заключенных выходят на свободу. Опасаясь за свою жизнь, вдова третьего грабителя обращается к Шону с просьбой использовать его способности для поиска пропавших денег...

Чтобы не допустить остановки расследования убийства, обставленного как самоубийство, Шон имитирует экстрасенсорную связь, якобы установленную им с кошкой жертвы...

В ходе репетиции, сценарная смерть одного из участников представления по воссозданию событий гражданской войны превращается в настоящую. Чтобы раскрыть преступление, Шон и Гас вынуждены сами примерить костюмы...

Одному из пациентов клиники планируется пересадка печени. Браун и Мерфи отправляются за донорским органом. В это время выясняется, что больной не соблюдал медицинских требований перед трансплантацией и теперь он теряет свое место в очереди и перемещается в конец списка. Тем временем Мерфи и Браун с невероятными сложностями удается вовремя доставить печень в клинику. Но донорский орган уходит к другому пациенту в соседнюю больницу. Шон знакомится с соседкой по дому и потихоньку обустраивает свою жизнь на новом месте.

В клинику поступает беременная женщина. У плода опухоль, без удаления которого жизнь ребенка обречена. Женщина решается на операцию, но ее генетическое заболевание осложняет проведение такого лечения. Шон предлагает вариант, который может снизить риски. Мелэндес решает оперировать. У него есть свои скрытые мотивы для проведения такой операции. Он отказывает Шону в просьбе ассистировать и направляет его и Браун к пациентке с интимной проблемой, которая оказывается сложней, чем предполагалось вначале.

В полицию поступает анонимный звонок: неизвестный сообщает, что на жизнь посла Кореи планируется покушение в день свадьбы его сына. Охрана посла обращается в агентство Лайтмана с просьбой присутствовать на церемонии и вычислить злоумышленника...

Гангстер Мэни Трильо, приговоренный к пожизненному заключению и отсидевший за решеткой много лет, начинает писать книги, в которых раскаивается во всех своих преступлениях. Его творения привлекают внимание общественности. Власти штата принимают решение аннулировать вынесенный приговор, но губернатор хочет убедиться в искренности Мэни. К работе привлекают Лайтмана...

В агентство "Лайтман Груп" обращается семейная пара: несколько дней назад пропала их приемная дочь Саманта. Полиция подозревает, что сами родители причастны к исчезновению девочки...

Спустя 200 лет со дня гибели лейтенанта Рипли, военные ученые решают сделать ее клон, чтобы заполучить детеныша инопланетянина. Кровь Рипли несет в себе образцы ДНК "чужих", и ученые хотят получить от нее потомство, которое станет совершенным оружием всех времен. Но Рипли не может допустить попадания всех этих новых монстров на нашу планету и старается всех их убить.